Осуществление охраны природных территорий в целях сохранения биологического разнообразия и поддержания в естественном состоянии охраняемых природных комплексов и объектов является основополагающей задачей заповедника.
Охрана природных комплексов и объектов на территории заповедника, его охранной зоны и государственных природных заказников федерального значения «Меклетинский», «Харбинский», «Сарпинский» осуществляется специальной государственной инспекцией по охране заповедника. А также инспекторским составом проводятся профилактические противопожарные мероприятия, тушение природных пожаров, в том числе с привлечением специализированных организаций, мероприятия по выделению внешних границ территории заповедника, оснащение аншлагами, информационными щитами и знаками, биотехнические мероприятия, осуществляют сбор первичных научных данных и сведений по фенологии, участвуют в учётах численности животных и птиц, в кольцевание птиц, участвуют в сборе данных для «Летописи природы», а также в мероприятиях по экологическому просвещению населения и в проведении экологических экскурсий для туристов.
В своей деятельности сотрудники отдела охраны используют патрульные автомобили, моторные лодки. Для эффективного выполнения поставленных задач не обойтись без современных средств связи, навигации, поиска и идентификации: бинокли, радиостанции, мобильные телефоны, навигаторы, фотоловушки, фото-видеорегистраторы, приборы ночного видения, состоящие на вооружении государственных инспекторов.